Добрый день!
Цитата: За нашу организацию поставщику услуг оплатила третья сторона. наша орг-я получила вычет НДС по счет фактуре на аванс.
Не так.
Вы получили только счет-фактуру по авансу. А права на вычет по этому счету-фактуре у Вас нет. Поскольку никакого аванса Вы не платили, его за Вас заплатила другая фирма.
Кстати, а Вы ей погасили свой долг по этому авансу?
Цитата: Условия договора изменились и наша организация стала заказчиком услуг, а третья сторона на стадии ликвидации.
Погодите, о каком "авансе за Вас" тогда речь шла в предыдущем предложении, если на момент оплаты аванса третьи лицом Вы не были заказчиком по договору?
А кто был заказчиком? Третья сторона?
И еще, каким образом Вы "стали заказчиком"? Каким договором?
Цитата: Как провести сч на аванс,если она проводится только на основании списания с расчетного счета?
Никак не провести.
Цитата: Оператор завела эту с/ф как поступление услуг и она попала в книгу покупок🤯 , НДС возместили
Это всё неправильно. Срочно делайте уточненную декларацию и возвращайте этот вычет (возмещение) обратно.
Цитата: но по сути поставщик услугу еще не оказал, а акт сверки теперь выдает что он нам и не должен.
Раз он Вам выписал счет-фактуру на аванс, значит, у него долг перед Вами. И этот долг должен быть отражен в Акте сверки. Напишите ему об этом и потребуйте корректировки Акта сверки.
Успехов!